boltdb源码阅读

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这是一个创建于 的文章,其中的信息可能已经有所发展或是发生改变。

前言

最近抽时间看了boltdb的源码,代码量不大(大概4000行左右),而且支持事务,结构也很清晰,由于比较稳定,已经归档,确实是学习数据库的最佳选择。而且不少出名的开源项目在使用它,比如etcd,InfluxDB等。

本文记录下笔者在阅读源码后了解到的其工作原理,以留备忘。

简介

boltdb数据库是一款go开发的k/v数据库。其设计源于LMDB(Lightning Memory-Mapped Database),持久化到单文件中,通过mmap将文件映射到内存,这样读文件可以减少一次IO,但是写文件并不是通过mmap,而是通过调用写函数进行seek+write,后面会具体讲。

通过B+树进行索引。

按块写入,块的大小根据操作系统获得,大部分操作系统都是4k.

支持事务:多个读事务可以并发执行,但是写事务是串行的。

工作流程

一段简单使用代码如下:


    path := "./bolt.db"
    db, err := bolt.Open(path, 0666, nil)
    if err != nil {
        fmt.Println("open db failed:", path, err)
        return
    }
    defer db.Close()

    tx, err := db.Begin(true)
    if err != nil {
        fmt.Println("begin trans failed:", err)
        return
    }
    defer tx.Rollback()

    bucket, err := tx.CreateBucketIfNotExists([]byte("nums"))
    if err != nil {
        fmt.Println("create bucket failed")
        return
    }
    kv := []byte("128")
    
    bucket.Put(kv, kv)

    val := bucket.Get(kv)
    fmt.Println(val)

    tx.Commit()

可以看出其工作流程为:

1.打开数据库文件

2.开始一个事务

3.创建一个bucket(一系列的k/v集合,可嵌套)

4.在bucket中放入一个k/v数据

5.关闭事务

每一系列的操作都是一次事务操作,要么是只读事务,要么是读写事务。
每次对数据的增删改查操作都是基于bucket进行。

数据结构

boltdb所有的修改操作都是在内存中完成,最终提交事务后进行落盘操作。

所以其存储的数据存在内存和文件两种数据结构,通过unsafe函数将byte array转换为对应的结构体

内存相关

node

代表内存中一个树节点


type node struct {
    bucket     *Bucket    
    isLeaf     bool        // 用来区分树枝和叶子节点
    unbalanced bool
    spilled    bool
    key        []byte    // 该节点中的最小的key
    pgid       pgid
    parent     *node
    children   nodes
    inodes     inodes    // node中真正存数据的地方
}

inode

inodes中保存k/v数据.树枝和叶子节点公用这个数据结构。


type inode struct {
    flags uint32    // 仅叶子节点使用。存放数据内容标识,为bucket或普通数据中的一种
    pgid  pgid        // 仅树枝节点使用。存放子节点的page id
    key   []byte    // 树枝节点和叶子节点公用。key
    value []byte    // 仅叶子节点使用。存放普通数据或bucket
}

文件相关

page


type page struct {
    id       pgid        // pageid
    flags    uint16        // 这块内容标识:可以为元数据、空闲列表、树枝、叶子 这四种中的一种
    count    uint16        // 存储数据的数量
    overflow uint32        // 溢出的数量(一页放不下,需要多页)
    ptr      uintptr    // 真正存储数据的指向(仅内存中的标识,并不落盘)
}

每个page.ptr指向的数据结构在落盘后其前面都会存page,我们称为PageHeader,下文用PH表示

其在文件中如下所示:

page.ptr指向的数据结构

元数据(metadata)

元数据存两份,pageid为0和1,pageid是固定的,以后也不会改变。
meta的作用:

1.保存数据库基本信息,如根节点,版本号,空闲列表等

2.其中一个元数据出了问题,可以使用另外一份进行修复来保证数据库可用
3.保证一致性:每次读写事务前,都会选取txid最大的那个meta进行事务初始化,同时做MVCC时,也会拷贝最新的meta。


type meta struct {
    magic    uint32        // 标识db文件为boltdb产生的
    version  uint32        // 版本号
    pageSize uint32        // 页大小,根据系统获得,一般为4k
    flags    uint32        // 表示为metadata
    root     bucket        // 内含根节点的pageid,起始时从3开始
    freelist pgid        // 空闲列表pageid,起始时从2开始
    pgid     pgid        // 下一个要分配的pageid
    txid     txid        // 下一个要分配的事务id
    checksum uint64        // 检查meta完整性时使用
}

空闲列表(freelist)

boltdb中使用了MVCC多版本,增删改的数据都会新分配page存放,以前的page中的数据并不会被删除,待事务版本升高,旧数据持有的page便可以释放用来重新进行分配给新的写事务存放数据。而控制哪些page空闲,哪些page将要空闲,就是由freelist这个数据结构控制。

而我们也可以看到,boltdb的数据库文件并不会因为删除数据而减小。空闲空间是由freelist来重复利用。

freelist数据结构:


// freelist represents a list of all pages that are available for allocation.
// It also tracks pages that have been freed but are still in use by open transactions.
type freelist struct {
    ids     []pgid          // all free and available free page ids.
    pending map[txid][]pgid // mapping of soon-to-be free page ids by tx.
    cache   map[pgid]bool   // fast lookup of all free and pending page ids.
}

落盘时只存储ids字段,会把pending和ids合并后存储。所以page.ptr指向的是ids列表。如果ids数量超过0xFFFF(page.count的最大值),则会把ptr指向的第一个位置作为ids的长度。

pending是还未被释放的空闲页面id,而ids为已经可以使用的空闲page id,为什么pending可以和ids合并存储呢?

在说原因前先说明下下面背景:

1.首先要明确的是,freelist被整个db持有(所有的写事务共享),只有写事务才能修改它,所有它不需要加锁(为什么?前文说过,写事务是串行执行,不是并发执行)。

2.每个事务都有一个版本号:读事务txid = db.meta.txid,写事务txid = db.meta.txid + 1

3.每个事务都会拷贝一份metadata数据,该数据持有基本信息。

原因如下:

1.只有写事务在提交事务时,其在事务期间受到操作的数据才需要重新分配新的page来存储,而他们原本所在的page会被pending,在事务完成期间并不会被释放到ids里(为什么?因为有读事务在,一个读事务如果执行时间较长,该写事务此时释放到ids里,就会被随后的写事务拿去写入新数据,该读事务还在进行中,就导致了脏读出现)。

2.对于该写事务成功提交后,此时freelist会写入一个新page。这个新page上保存了该事务的ids+pending。此时,对于读事务来说,有两种情况:

1.某个读事务还未执行完(该读事务可能在这个写事务之前开始,也可能在这个写事务还未提交时开始)

2.这个写事务成功后新创建了一个读事务

3.对于上面情况一来说,此时db.freelist中pending仍然存在,所以这个读事务进行过程中,数据一直存在,所以并不会被覆盖,保证了事务的隔离。

4.对于情况二来说,写事务成功后了metadata中freelist的新pageid,新开始的读事务可直接读取到较新的数据。这正是多版本控制。

5.新的写事务开始时会找到最小的事务txid,然后把小于这个txid的freelist.pending中的pageid都放入freelist.ids中(说明没有读事务在用这些pending状态的page了,可以进行释放了)。

6.如果数据库关闭后重新打开了,更不用关心了,因为事务还没开始。

树枝


type branchPageElement struct {
    pos   uint32    // key的位置
    ksize uint32    // key的大小
    pgid  pgid        // 指向的下层pageid
}

树枝在文件中的结构如下:

通过pos可定位到key,通过pos:ksize即可取得key.通过pgid可获取下一层数据(树枝或树叶)

叶子


type leafPageElement struct {
    flags uint32    // 内容标识,可以为普通数据或bucket两者中的任一种
    pos   uint32    // key的位置
    ksize uint32    // key的大小
    vsize uint32    // value的大小
}

叶子在文件中的结构如下:

通过pos可定位到key,通过pos:ksize获取到key,通过pos+ksize:vsize可获取到value。

其中叶子内容可为bucket(sub-bucket),可为普通数据。

当为bucket时,flags为bucketLeafFlag=0x01;

当为普通数据时,flags=0。

page和node对应转换

从page转为node:通过node.read(p *page)函数转换,按需转化。

从node转为page:通过node.write(p *page)函数转换

因为修改操作都在内存中完成,所以往插入数据都是在node中进行,然后经过一系列操作再保存到文件中。

往node中插入数据:[node.put(oldKey, newKey, value []byte, pgid pgid, flags uint32)](https://sourcegraph.com/githu...:16)

上面已经说过,插入数据仅两种情况,插入bucket,插入普通数据:

c.node().put(key, key, value, 0, bucketLeafFlag)

c.node().put(key, key, value, 0, 0)

在落盘前插入数据时,均不会分配pgid(pgid=0)。只会影响内存中的数据,文件中不会受影响。

bucket

在boltdb中,bucket是一个重要的概念,它是一些列的键值对的集合。一个bucket相当于一个命名空间,每个bucket中表示了一个完整的b+树,另外bucket可以嵌套。对数据的增删改查都基于bucket。

结构体如下:


// Bucket represents a collection of key/value pairs inside the database.
type Bucket struct {
    *bucket
    tx       *Tx                // the associated transaction
    buckets  map[string]*Bucket // subbucket cache
    page     *page              // inline page reference
    rootNode *node              // materialized node for the root page.
    nodes    map[pgid]*node     // node cache

    // Sets the threshold for filling nodes when they split. By default,
    // the bucket will fill to 50% but it can be useful to increase this
    // amount if you know that your write workloads are mostly append-only.
    //
    // This is non-persisted across transactions so it must be set in every Tx.
    FillPercent float64
}

// bucket represents the on-file representation of a bucket.
// This is stored as the "value" of a bucket key. If the bucket is small enough,
// then its root page can be stored inline in the "value", after the bucket
// header. In the case of inline buckets, the "root" will be 0.
type bucket struct {
    root     pgid   // page id of the bucket's root-level page
    sequence uint64 // monotonically incrementing, used by NextSequence()
}

每一个字段,代码中也做了详细的解释。

每个bucket在持久化到文件后为下面两种情况之一:

1.占用一整个page

2.bucket和其数据作为一个leaf存在

情况一在文件中的结构如下:

其中root为该bucket的起始pageid,后续对该bucket中的元素查询操作时,都从该pageid开始进行二分法查找。其占用一个pagesize。

情况二在文件中的结构如下:

bucket和其中的数据做为一个leafPageElement存在。假设leaf1为inline-bucket,则其value值中存储的内容为BucketHeader+PageHeader+PageData(该bucket的k/v集合).

其与正常bucket的区别是不会单独分配pageid,root值为0,pageid也为0.

inline-bucket存在的目的是为了降低存储空间的占用。

其实新创建的bucket默认就是一个inline bucket,然后在内存中做k/v的一系列操作,在落盘时判断是否满足inline bucket,判断函数为Bucket.inlineable()

全貌

我们看下一个对于一个bucket形成的完整b+树

说明:
为了好画图,上面做了简写:
PH:PageHeader

LE:leafPageElement

BH:bucketHeader

BE:branchPageElement

K:key

V:value

对于内存中的全貌,可以用node+inodes可同样描绘出来,在此不再赘述

查找

有了上面这些基础,我们看下查找。

不管内存中inodes里存储的内容,还是page中Element(leafPageElement+branchPageElement),它们的key都是有序排列的。

二分法查找。

查找中使用的数据结构:


// Cursor represents an iterator that can traverse over all key/value pairs in a bucket in sorted order.
// Cursors see nested buckets with value == nil.
// Cursors can be obtained from a transaction and are valid as long as the transaction is open.
//
// Keys and values returned from the cursor are only valid for the life of the transaction.
//
// Changing data while traversing with a cursor may cause it to be invalidated
// and return unexpected keys and/or values. You must reposition your cursor
// after mutating data.
type Cursor struct {
    bucket *Bucket
    stack  []elemRef
}

// elemRef represents a reference to an element on a given page/node.
type elemRef struct {
    page  *page
    node  *node
    index int
}

cursor相当于一个游标,查找会记录所经过的路径(page+node+命中的key的index),并放入stack中。

因为b+树叶子节点存储value,所以最终,stack的顶部(最后一个元素)就为叶子节点。然后进行相关操作(增删改)

查找过程中会先在内存中(node)查找,然后从page中查找并缓存到内存。

B+树平衡

在读写事务提交阶段进行持久化。

上面说过,所有的修改,都是在内存中变更的,增加和删除都会破坏b+树结构,所以在持久化前需要调整内存中树结构。

此时涉及两个操作:

1.rebalance:删除操作会对node打上unbalanced标记,因为删除数据可能会引起page填充率不够,此时会对这些节点检查并进行合并。

2.spill:添加操作会使得page填充率过高,需要对节点进行分裂。

rebalance

Bucket中,b.nodes字段和b.buckets字段为有过操作的缓存字段,所以需要对这两个字段中的节点进行rebalance处理。

对于可能不平衡的节点(删除时打上unbalanced的节点),判断其填充率是否满足下面两个条件(两个条件都要满足):

1.条件为大于1/4 pagesize

2.当前节点为叶子节点的话,key的数量要大于1;为树枝节点的话,key数量要大于2

不满足上面条件的话就进行rebalance处理

处理函数为:b.rebalance()

合并流程为:

1.如果是根节点,且是树枝节点,含有一个数据,则把叶子节点往上提(删除树干节点)

2.对于不含数据的节点,进行删除处理

3.优先使用同一层左边的节点进行合并,如果没有的话使用右边的节点进行合并(第一个节点无左节点,需选用右边节点)

4.合并可能会引起父节点不满足条件(看上面的全貌图,父节点的key是子节点最小(最左)的key,孩子合并后,这个key就不需要了),需要递归处理父节点

spill

b.spill()函数对Bucket中node进行分裂。

一个节点能被分裂成多个节点需满足下面条件(两个条件都要满足)

1.inodes中的数据量大于4

2.inodes中的数据大小大于pagesize

因为可能存在大key问题:inodes中key数量满足条件1,但它里面的某个key的value值很大,大于pagesize,此时无需分裂。

上文说过,新增的节点在落盘前均不会分配pageid,那pageid啥时分配呢?
其实spill除了负责分裂外,还会为分裂好的node申请pageid。

分裂

对涉及到的buckets中节点均进行判定及分裂:先对每个sub bucket进行判断,看是否是inline-bucket,非inline-bucket中每个节点均需进行判定及分裂

分裂流程:

1.从每个bucket中的根节点开始,自顶往下递归到叶子节点

2.对每个节点进行判定及分裂为多个节点(根据填充率分割)

3.对分裂后的多个节点,依次对每个节点分配pageid,如果该节点有pageid的话,需放入freelist pending中(freelist这个数据结构会用来记录空闲pageid列表和当前待释放pageid列表)。

4.分裂可能会导致父节点key数量过多,所以也需要进行分裂

分配pageid

会根据需要的空间在freelist中寻找满足条件的空闲pageid。因为存储的数据可能需要一个page,有的需要多个page(大key),多个page需要连续。

这时候如果大小大于文件大小,需要调整mmap映射的文件大小(mmap映射的磁盘大小是pagesize的整数倍,故会大于文件大小)。

另外可以看出分配pageid的过程,是一个顺序遍历的过程,直到满足条件。随着数据量增加,freelist的id碎片化会很严重,而我们又想寻找一个大的page的情况下会成为瓶颈。我看etcd维护的版本中已经修复了这个问题(通过合并及归类)。

数据落盘

上文说过,读取是通过mmap来减少一次IO,落盘是使用写文件的方式。

1.先更新文件描述信息中的文件最终大小

2.在指定偏移量处写入数据

3.使用syscall.Fdatasync确保数据落盘。

这种先定文件大小,然后再使用fdatasync可以减少一次IO

事务

boltdb是支持事务的:只读事务和读写事务。

支持多个读事务和一个写事务。

我们看下它是如何支持ACID的。

原子性(atomicity)

修改事务在事务开始时拷贝metadata,

所有的修改操作都在内存中完成,不会影响到数据库文件。

落盘时先写b+数据和freelist数据,最后写metadata的顺序执行。只有metadata写入成功,才算成功,如果任何一步写入失败,直接丢掉freelist中该事务分配的pageid,重新载入freelist即可。

一致性(consistency)

写事务只有在metadata成功写入才算事务成功执行。即使故障或断电,也不会影响数据库的一致。

隔离性(isolation)

写事务串行执行,读事务可并发执行。使用MVCC多版本并发控制。每个事务都会分配一个事务版本号txid。

读事务txid = db.meta.txid,写事务txid = db.meta.txid + 1

读事务的生命周期中,不会受到写事务影响:

1.写操作在持久化前都在内存中进行

2.持久化后,修改后的数据会分配额外的pageid,不会影响以前的page,修改过的page均处于pending状态,版本号低的txid是无法访问到的

3.在每次读事务开始时,都会获取最新的db.meta.txid,写事务开始时,会把小于最小txid的处于pending状态的给放入空闲id列表,保证了新开始的读事务能读到较新的版本。

持久性(durability)

boltdb 使用了两个metadata来保证故障或重启时进行恢复。metadata选取时有校验机制,使用一个metadata来恢复另一个metadata时,只需要恢复freelist。

参考

boltdb/bolt

boltdb 源码分析


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本文来自:Segmentfault

感谢作者:.container .card .information strong

查看原文:boltdb源码阅读

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